Tanpa membuang-buang waktu, Rasulullah mempersiapkan pasukan sebanyak 1600 orang dan 100 pasukan berkuda guna diberangkatkan ke Khaibar.
Setelah berjalan tiga hari tibalah pasukan muslimin di depan perbentengan Khaibar. Mereka telah berada di depan benteng Natat.
Esok paginya pertempuran mati-matian mulai berkobar. 50 orang dari pasukan muslimin gugur dan dari fihak Yahudi lebih banyak lagi, termasuk pemimpin Yahudi Khaibar, yaitu Salam bin Misykam.
Setelah Salam terbunuh pimpinan Yahudi dipegang oleh Harits bin Abi Zainab. Ia keluar dari benteng Na'im bersama sejumlah pasukan dengan maksud hendak menggempur kaum muslimin.
Pasukan Muslimin yang terdiri dari orang-orang Khazraj berhasil memukul mundur pasukan Harits sampai mereka masuk ke dalam benteng.
Baca Juga: Kisah Imam Ali Tundukkan Pendekar Kafir Quraisy Paling Fenomenal di Perang Khandaq
Pasukan muslimin makin memperketat pengepungan atas beberapa benteng Khaibar. Pihak Yahudi bertahan mati-matian.
Bagi mereka, jika kali ini kalah, berarti penumpasan terakhir Bani Israil di negeri Arab.
Pengepungan itu berlangsung selama beberapa hari. Untuk melancarkan serangan, Rasulullah menyerahkan panji peperangan kepada Abu Bakar As Shiddiq.
Dengan tugas supaya menyerbu dan merebut benteng Na'im. Setelah terjadi pertempuran, Abu Bakar kembali tanpa berhasil mendobrak benteng tersebut.