Habib Zein tercatat sebagai Mustasyar Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) masa khidmah 2022-2027. Tercatat, beliau masuk kepengurusan PBNU bersama sembilan habib dari berbagai daerah di Indonesia.
Untuk jajaran Mustasyar, Habib Zein bersama tiga Habib lainnya yakni Habib Luthfi Bin Yahya dari Pekalongan, Jawa Tengah dan AGH Habib Abdurrahim Assegaf Puang Makka dari Makassar, Sulawesi Selatan.
Tiga habib lain menjadi A'wan Syuriyah PBNU, Habib Syech bin Abdul Qadir Assegaf dari Surakarta, Habib Ahmad al-Habsyi dari Pasuruan, Jawa Timur; dan Habib Mohsen Alaydrus dari Palu, Sulawesi Tengah.
Sementara Habib Luthfi bin Ahmad al-Attas dari Jakarta menjadi Katib Syuriyah. Dua habib di jajaran tanfidziyah, yakni KH Sayyid Muhammad Hilal al-Aidid dari Yogyakarta sebagai Wakil Ketua Umum dan Habib Abdul Qadir bin Aqil dari Jakarta sebagai Wakil Sekretaris Jenderal. ***