2. Tahun 2004 - 2007: Dean, the Faculty of Economicsand Business, UGM.
3. Tahun 2007 - 2011: Senior Vice Rector UGM.
4. Tahun 2010 - sekarang: Council member of the Indonesian Association of Accountants (IAI).
5. Tahun 2011 - 2015: Sekretaris Jenderal Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.
6. Tahun 2015 - 2019: Sekretaris Jenderal Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi.
7. Tahun 2019 - sekarang: Sekretaris Jenderal Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.
Pada masa khidmat PBNU 2022-2027, Ainun Naim ditugaskan menjadi Ketua LPT PBNU yang bertugas mengembangkan pendidikan tinggi Nahdlatul Ulama sebagaimana dalam Bab V Pasal 17 ayat 6 Anggaran Rumah Tangga (ART) NU.
Berikut ini susunan pengurus Lembaga Pendidikan Tinggi Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (LPT PBNU) masa khidmat 2022-2027.
Ketua: Prof Dr Ainun Naim